Набор EZdetectTM Hoechst был разработан для обнаружения микоплазмы на основе быстрого поглощения клеточной ДНК флуоресцентного красителя Hoechst. Он избирательно связывает малые бороздки ДНК и, следовательно, позволяет эффективно окрашивать ядра. Пятно Hoechst можно возбудить либо с помощью ксеноновой ртутной лампы, либо с помощью УФ-лазера, а также через синий фильтр. Окрашивание микоплазмы с помощью Hoechst выглядит как мелкодисперсное или нитевидное окрашивание цитоплазмы при 100-кратном увеличении. Ядра клеток также ярко окрашиваются этим методом и, таким образом, действуют как эндогенный положительный контроль.